对文档编写者来说几乎没有额外的负担。可以使用纯文本，支持 Markdown，对于更花哨或结构化的输出，可以使用 HTML 标签和/或 Doxygen 的一些特殊命令。
跨平台：可在 Windows 和许多 Unix 系统（包括 Linux 和 macOS）上运行。
即使对于没有文档的代码，也能索引、组织和生成可浏览和交叉引用的输出。
为解析的源代码生成结构化的 XML 输出，可供外部工具使用。
支持 C/C++、Lex、Java、(Corba 和 Microsoft) Java、Python、VHDL、PHP IDL、C#、Fortran、Objective-C 2.0，以及一定程度上的 D 源代码。
支持对文件、命名空间、包、类、结构体、联合体、模板、变量、函数、类型定义、枚举和宏定义进行文档化。
兼容 Javadoc (1.1)、qdoc3 (部分) 和 ECMA-334 (C# 规范)。
附带 GUI 前端 (Doxywizard)，方便编辑选项和运行 Doxygen。GUI 可在 Windows、Linux 和 macOS 上使用。
自动生成 HTML 中的类图和协作图（作为可点击的图像映射）以及 ${\LaTeX}$ 中的类图和协作图（作为封装的 PostScript 图像）。
使用 Graphviz 工具包的 dot 工具生成包含依赖图、协作图、调用图、目录结构图和图形化类层次结构图。
允许将实体分组到主题中，并创建主题层次结构。
灵活的注释位置：允许您将文档放在头文件中（在实体声明之前）、源文件中（在实体定义之前）或单独的文件中。
生成类的所有成员列表（包括任何继承的成员）及其保护级别。
同时以在线格式（XHTML 和 UNIX man 页面）和离线格式（ ${\LaTeX}$ 和 RTF）输出文档（可以根据需要禁用任何一种格式）。所有格式都针对易读性进行了优化。
此外，可以使用 Microsoft 的 HTML Help Workshop（仅限 Windows）从 HTML 输出生成压缩的 HTML，并且可以从 ${\LaTeX}$ 输出生成 PDF。
支持各种第三方帮助格式，包括 HTML Help、docsets、Qt-Help 和 eclipse help。
包含完整的 C 预处理器，以允许正确解析条件代码片段，并允许展开全部或部分宏定义。
自动检测公共、受保护和私有部分，以及 Qt 特定的信号和槽部分。提取私有类成员是可选的。
自动生成对已文档化的类、文件、命名空间和成员的引用。也支持对全局函数、全局变量、类型定义、宏定义和枚举进行文档化。
自动生成对基类/父类和继承/重写成员的引用。
包含快速的、基于排名的搜索引擎，用于在类和成员文档中搜索字符串或单词（基于 PHP）。
包含基于 JavaScript 的实时搜索功能，可在您键入时搜索符号（适用于中小型项目）。
您可以在文档中键入普通的 HTML 标签。Doxygen 会自动将它们转换为等效的 ${\LaTeX}$ 、RTF 和 man 页面对应项。
允许以与位置无关的方式引用为其他（使用 Doxygen 文档化的）项目（或同一项目的另一部分）生成的文档。
允许包含源代码示例，这些示例会自动与文档进行交叉引用。
还支持包含未文档化的类，从而可以快速了解（大型）代码片段的结构和接口，而无需查看实现细节。
允许将（已文档化的）实体与其在源代码中的定义进行自动交叉引用。
所有源代码片段都进行了语法高亮显示，方便阅读。
允许在文档中包含函数/成员/类定义。
所有选项都从易于编辑且（可选）带有注释的配置文件中读取。
文档和搜索引擎可以传输到另一个位置或机器，而无需重新生成文档。
支持许多不同的字符编码，并在内部和生成的输出中使用 UTF-8。
Doxygen 可以生成一个布局，您可以使用并编辑该布局来更改每个页面的布局。
有 100 多个可配置选项来微调输出。
可以轻松处理大型项目。

尽管 Doxygen 现在可以用于任何使用 Doxygen 支持的语言编写的项目，但最初它是专门为使用 Qt Software 的 Qt 工具包的项目而设计的。我尝试使 Doxygen 与 ‘Qt 兼容’。也就是说：Doxygen 可以读取 Qt 源代码中包含的文档，并创建一个看起来与 Qt Software 生成的类浏览器非常相似的类浏览器。Doxygen 理解 Qt 使用的 C++ 扩展，例如信号和槽，以及 Qt 源代码中使用的许多标记命令。

Doxygen 还可以自动生成指向使用 Doxygen 或 Qt 的非公共类浏览器生成器生成的现有文档的链接。对于基于 Qt 的项目，这意味着无论您何时引用属于 Qt 工具包的成员或类，都会生成指向 Qt 文档的链接。这是独立于此文档所在的位置完成的！

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