Doxygen 是一个基于命令行的实用工具。在命令行调用 doxygen 并带上 --help 选项，将显示该程序的简要用法说明。

所有选项都由一个前导字符 - 组成，后跟一个字符以及一个或多个参数，具体取决于选项。

要为您的项目生成手册，您通常需要遵循以下步骤

如果您有使用旧版本 Doxygen 生成的配置文件，可以通过运行 Doxygen 并带上 -u 选项将其升级到当前版本。

doxygen -u <config_file>

原始配置文件中的所有配置设置将被复制到新的配置文件。任何新选项将具有其默认值。请注意，您在原始配置文件中添加的注释将会丢失。

微调输出

如果您想微调输出的外观，Doxygen 允许您生成默认的样式表、页眉和页脚文件，供您后续编辑

对于 HTML 输出，您可以使用以下命令生成默认的页眉文件（参见 HTML_HEADER）、默认的页脚（参见 HTML_FOOTER）和默认的样式表（参见 HTML_STYLESHEET）
```
doxygen -w html header.html footer.html stylesheet.css <config_file>
```
The config_file 是可选的。省略时，Doxygen 会搜索名为 Doxyfile 的文件并处理它。如果也找不到，则会使用默认设置。
对于输出，您可以使用以下命令生成 refman.tex 文件的开头和结尾部分（参见 LATEX_HEADER 和 LATEX_FOOTER）以及该开头部分包含的样式表（通常是 doxygen.sty）
```
doxygen -w latex header.tex footer.tex doxygen.sty <config_file>
```
如果您需要非默认选项（例如，使用额外的宏包），您需要创建一个配置文件，正确设置这些选项，然后在生成的文件之后指定该配置文件（请先备份配置文件，以免忘记指定输出文件而丢失它）。
对于 RTF 输出，您可以使用以下命令生成默认样式表文件（参见 RTF_STYLESHEET_FILE）
```
doxygen -w rtf rtfstyle.cfg
```

警告: 使用自定义页眉时，您负责正确包含 Doxygen 所需的任何脚本和样式表，这取决于配置选项，并且在升级到新的 Doxygen 版本时可能会发生变化。

注意

如果您不希望配置文件中的每个条目都有文档说明，则可以使用可选的 -s 选项。此选项可与 -u 选项结合使用，以在现有配置文件中添加或删除文档说明。要获得最小的配置文件，请使用 -x 或 -x_noenv 选项，仅显示与默认 Doxygen 配置文件的差异。如果您向我发送配置文件作为错误报告的一部分或在 GitHub 上提交问题，请使用 -s、-x 或 -x_noenv 选项！（另请参见：如何报告错误）
要让 Doxygen 从标准输入/输出读写，而不是从/写到文件，请对文件名使用 -。