Doxygen 允许您在输出中放入 ${\LaTeX}$ 公式（这仅适用于 HTML、 ${\LaTeX}$ 和 RTF 输出）。为了能够在 HTML 和 RTF 文档中包含公式（作为图像），您还需要安装以下工具

latex: ${\LaTeX}$ 编译器，需要解析公式。为了测试，我使用了 teTeX 1.0 发行版。
dvips: 一个将 DVI 文件转换为 PostScript 文件的工具，我使用了 Radical Eye 软件的 5.92b 版本进行测试。
gs: GhostScript 解释器，用于将 PostScript 文件转换为位图。我使用了 Aladdin GhostScript 8.0 进行测试。

对于 HTML 输出，还有一种使用 MathJax 的替代解决方案，它不需要上述工具。如果您在配置中启用 USE_MATHJAX，那么 latex 公式将“按原样”复制到 HTML 中，并且客户端 JavaScript 将解析它们并将它们转换为（交互式）图像。

有四种方法可以在文档中包含公式。

使用出现在正文中的行内公式。这些公式应该放在一对 \f$ 命令之间，所以
```
  The distance between \f$(x_1,y_1)\f$ and \f$(x_2,y_2)\f$ is 
  \f$\sqrt{(x_2-x_1)^2+(y_2-y_1)^2}\f$.
```
结果是

和之间的距离是 $\sqrt{(x_2-x_1)^2+(y_2-y_1)^2}$ 。
使用出现在正文中的行内公式，与 \f$ 相反，它不会在 ${\LaTeX}$ 中显式打开数学模式。这些公式应该放在 \f( 和 \f) 命令之间，所以
```
  The LaTeX and Tex logos are: \f(\LaTeX \f) and \f(\TeX \f).
```
结果是

LaTeX 和 Tex 标志是： ${\LaTeX}$ 和 ${\TeX}$ 。

未编号的显示公式，居中显示在单独的一行上。这些公式应该放在 \f[ 和 \f] 命令之间。一个例子

  \f[
    |I_2|=\left| \int_{0}^T \psi(t) 
             \left\{ 
                u(a,t)-
                \int_{\gamma(t)}^a 
                \frac{d\theta}{k(\theta,t)}
                \int_{a}^\theta c(\xi)u_t(\xi,t)\,d\xi
             \right\} dt
          \right|
  \f]

结果是

$|I_2|=\left| \int_{0}^T \psi(t) \left\{ u(a,t)- \int_{\gamma(t)}^a \frac{d\theta}{k(\theta,t)} \int_{a}^\theta c(\xi)u_t(\xi,t)\,d\xi \right\} dt \right|$

可以使用 \f{environment} 指定不在数学环境中的公式或其他 latex 元素，其中 environment 是 ${\LaTeX}$ 环境的名称，对应的结束命令是 \f}。这是一个方程数组的示例

   \f{eqnarray*}{
        g &=& \frac{Gm_2}{r^2} \\ 
          &=& \frac{(6.673 \times 10^{-11}\,\mbox{m}^3\,\mbox{kg}^{-1}\,
              \mbox{s}^{-2})(5.9736 \times 10^{24}\,\mbox{kg})}{(6371.01\,\mbox{km})^2} \\ 
          &=& 9.82066032\,\mbox{m/s}^2
   \f}

结果是

$\begin{eqnarray*} g &=& \frac{Gm_2}{r^2} \\ &=& \frac{(6.673 \times 10^{-11}\,\mbox{m}^3\,\mbox{kg}^{-1}\, \mbox{s}^{-2})(5.9736 \times 10^{24}\,\mbox{kg})}{(6371.01\,\mbox{km})^2} \\ &=& 9.82066032\,\mbox{m/s}^2 \end{eqnarray*}$

对于第一个和第三个命令，应该确保公式包含 ${\LaTeX}$ 数学模式中的有效命令。第二个命令应该是有效的文本模式命令，当使用 USE_MATHJAX 时，这些命令也可以在数学模式下工作。对于第四个命令，该部分应包含特定环境的有效命令。

警告: 目前，Doxygen 在从公式中的拼写错误中恢复时不是很容错。可能需要删除写入 html、rtf 等目录的 formula.repository 文件以及 form_* 文件，以消除不正确的公式。

为了可以定义自己的 ${\LaTeX}$ 命令，例如公式构建块或某些单词的一致书写，可以使用配置选项 FORMULA_MACROFILE。提供一个带有 ${\LaTeX}$ 命令的文件。此文件可以包含 ${\LaTeX}$ \newcommand 和 \renewcommand 命令，并且它们包含在公式（图像版本和 MathJax 版本）以及生成的 ${\LaTeX}$ 输出中（用于 PDF 生成）。
\newcommand（和 \renewcommand）被限制为不带可选参数的版本，因此仅支持以下类型

\newcommand{\cmd}{替换}

\newcommand{\cmd}[nr]{替换}

例如

\newcommand{\E}{\mathrm{E}}

\newcommand{\ccSum}[3]{\sum_{#1}^{#2}{#3}}

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